علی بن موسی(ع) طی دوران اقامت خود در مرو، مرکز علمی و اداری خراسان، تلاش گسترده ای را برای ترقی اندیشه و اعتقادات مردم خراسان به عمل آوردند و با مناظره های علمی با اهل کتاب و نحله های فرهنگی گوناگون، موجبات اعتلاء و ترقی معرفت و بینش دینی این منطقه را فراهم کردند. آن حضرت با تشکیل محافل علمی و کلامی و حدیثی به دفاع از اصول اسلام و فرهنگ اهل بیت (ع) پرداخته و به ایرادات و شبهات فرق پاسخ می دادند. شمار مناظرات امام رضا(ع) با اهل کتاب و نمایندگان مسیحیان، یهودیان، مانویان، زرتشتیان، صابئین و فرق اسلامی، فراوان است. از آن جمله روزی مأمون سران ادیان و مذاهب زمان را جمع کرد و از امام رضا(ع) دعوت نمود تا با آنان مناظره کند. نخست، جاثلیق مسیحی به آن حضرت گفت:« شما و همۀ مسلمانان و تمامی ما مسیحیان نبوت حضرت عیسی(ع) و کتاب انجیل را قبول داریم ولی نبوت پیغمبر شما مشکوک است؛ زیرا او را تنها شما قبول دارید». امام رضا(ع) فرمود:« ما مسلمانان حضرت عیسی(ع) و انجیلی را قبول داریم که امتش را به پیغمبر آخرالزمان بشارت داده است و حواریون عیسی(ع) به آن اقرار کرده اند، پس چرا مخالفت پیامبر و کتاب خود می کنی و پیغمبری که بشارت داده اند، نمی پذیری». اینگونه مناظرات گویای حرکت عمیق علمی و فرهنگی آن حضرت است. مباحث این گفتگوهای علمی که به آرامی و در جو صمیمی برگزار می شد دربارۀ آفرینش جهان، توحید، صفات خداوند، انبیاء الاهی، عصمت آنان، جبر و اختیار و امامت، تفسیر آیات گوناگون قرآن، فضایل اهل بیت(ع) احادیث، دعا و احکام دین بود.
از دیگر فعالیت های امام رضا(ع)، تشکیل حوزه ی علمی در منزل خود و مسجد مرو بود و حضور شیعیان آن حضرت چنان چشمگیر بود که مأمون به حاجب خود، دستور داد تا شاگردان وی را پراکنده کند. امام رضا(ع) نزد مأمون رفت و با ناراحتی و صلابت به وی گفت:« از خداوند حق مصطفی و مرتضی و سیده نساء العالمین را طلب می کنم. چرا اینان را طرد نمی کنی که وی یاران عام و خاص مرا خوار کرد». امام رضا(ع) سپس به خانه برگشت و دو رکعت نماز خواند و گفت:« خدایا! این مرد به من ستم کرد و شیعیان مرا از در خانۀ من دور کرد. خدایا انتقام مرا از وی بگیر». این خبر به خوبی نشان می دهد شمار شیعیانی که در محافل علمی آن حضرت شرکت داشتند، قابل توجه بود و به همین سبب مأمون دستور تعطیلی آنها را صادر کرد. عظمت علمی و مقام معنوی و اخلاق عملی امام رضا (ع) موجب جذب مردم به سوی وی شد و صیت علمی او همه جا را فرا گرفت به گونه ای که مأمون به آن اعتراف کرد. آن حضرت از هر فرصتی برای پیاده کردن سنت های الاهی و سیرۀ رسول الله (ص) استفاده می کرد تا انحرافاتی را که حکام در جامعه سرایت داده بودند، اصلاح کند. از جمله روزی مأمون دستور داد تا آن حضرت نماز عید را با مردم بخواند. امام رضا(ع) ابتدا نپذیرفت ولی چون مأمون اصرار کرد، امام رضا(ع) فرمود:« به شرطی نماز می خواند که اجازه دهند، همانگونه که رسول الله(ص) و علی(ع) نماز می خوانده بخواند». مأمون پذیرفت و آن حضرت با پای پیاده و برهنه همراه با شیعیان خود به راه افتاد، وی چنان تکبیر سر داد که گویی همه عالم با او همنوا هستند. صدای تکبیر در شهر پیچید و شهر به لرزه در آمد و جمعیت زیادی با آن حضرت همراه شدند. فضل بن سهل احساس خطر کرد و از مأمون خواست تا دستور بازگشت امام رضا(ع) را صادر کند.
از دیگر نتایج پر بار دوران اقامت علی بن موسی(ع) در مرو، فراهم شدن موجبات رشد و گسترش تشیع در خراسان بود. مردم خراسان که از پیش دوستدار خاندان رسالت بودند، پس از حضور آن حضرت علاقه و محبتشان به اهل بیت و علویان بیشتر شد به گونه ای که مدفن امام رضا(ع) به صورت یکی از پایگاههای مهم تشیع در طول تاریخ درآمد و بر تاریخ فرهنگ و هنر و اقتصاد ایران و تشیع تأثیر عمیقی گذاشت.
بر گرفته از کتاب: تاریخ امامت / اصغر منتظر القائم